Indonesia juga merupakan negara yang dijajah oleh banyak negara Eropa dan juga Asia, itu disebabkan Indonesia sejak zaman dahulu merupakan negara yang kaya akan hasil alamnya yang melimpah, hingga membuat negara-negara Eropa tergiur untuk menjajah dan bermaksud menguasai sumber daya alamnya untuk pemasukan bagi negaranya, Negara-negara yang pernah menjajah diantaranya adalah :
- Portugis pada tahun 1509, hanya Maluku, lalu berhasil diusir pada pada tahun 1595
- Spanyol pada tahun 1521, hanya Sulawesi Utara, tetapi berhasil diusir pada tahun 1692.
- Belanda pada tahun 1602, seluruh wilayah Indonesia.
- Perancis secara tidak langsung menguasai Jawa pada periode 1806-1811 karena Kerajaan Belanda takluk kepada kekuatan Perancis. Ketika Louis Bonaparte adik Napoleon Bonaparte naik takhta Belanda pada tahun 1806, maka secara otomatis jajahan Belanda jatuh ke tangan Perancis. Periode ini berlangsung pada pemerintahan Gubernur Jenderal Herman Willem Daendels pada tahun 1808-1811. Berakhir pada tahun 1811 ketika Inggris mengalahkan kekuatan Belanda-Perancis di pulau Jawa.
- Inggris pada tahun 1811, sejak ditandatanganinya Kapitulasi Tungtang yang salah satunya berisi penyerahan Pulau Jawa dari Belanda kepada Inggris, Pada tahun 1814 dilakukanlah Konvensi London yang isinya pemerintah Belanda berkuasa kembali atas wilayah jajahan Inggris di Indonesia. Lalu baru pada tahun 1816, pemerintahan Inggris di Indonesia secara resmi berakhir..
- Jepang pada tahun 1942, hanya 3,5 tahun, dan berakhir pada tahun 1945, sejak kekalahan Jepang kepada sekutu.
Ketika orang-orang Eropa datang pada awal abad ke-16, mereka menemukan beberapa kerajaan yang dengan mudah dapat mereka kuasai demi mendominasi perdagangan rempah-rempah. Portugis pertama kali mendarat di dua pelabuhan Kerajaan Sunda yaitu Banten dan Sunda Kelapa, tapi dapat diusir dan bergerak ke arah timur dan menguasai Maluku. Pada abad ke-17, Belanda muncul sebagai yang terkuat di antara negara-negara Eropa lainnya, mengalahkan Britania Raya dan Portugal (kecuali untuk koloni mereka, Timor Portugis). Pada masa itulah agama Kristen masuk ke Indonesia sebagai salah satu misi imperialisme lama yang dikenal sebagai 3G, yaitu Gold, Glory, and Gospel. Belanda menguasai Indonesia sebagai koloni hingga Perang Dunia II, awalnya melalui VOC, dan kemudian langsung oleh pemerintah Belanda sejak awal abad ke-19.
Di bawah sistem Cultuurstelsel (Sistem Penanaman) pada abad ke-19, perkebunan besar dan penanaman paksa dilaksanakan di Jawa, akhirnya menghasilkan keuntungan bagi Belanda yang tidak dapat dihasilkan VOC. Pada masa pemerintahan kolonial yang lebih bebas setelah 1870, sistem ini dihapus. Setelah 1901 pihak Belanda memperkenalkan Kebijakan Beretika, yang termasuk reformasi politik yang terbatas dan investasi yang lebih besar di Hindia Belanda.
Pada masa Perang Dunia II, sewaktu Belanda dijajah oleh Jerman, Jepang menguasai Indonesia. Setelah mendapatkan Indonesia pada tahun 1942, Jepang melihat bahwa para pejuang Indonesia merupakan rekan perdagangan yang kooperatif dan bersedia mengerahkan prajurit bila diperlukan. Soekarno, Mohammad Hatta, KH. Mas Mansur, dan Ki Hajar Dewantara diberikan penghargaan oleh Kaisar Jepang pada tahun 1943.
